Bactérie, je t’aurai …
L’équipe Ifremer « Pathologies, Infections et Epidémiologie » (PIE) de la station aquacole de Saint Vincent a mis au point une nouvelle technique d’identification et de détermination du pathotype de souches bactériennes impactant la filière crevetticole de Nouvelle-Calédonie.
Deux espèces bactériennes, Vibrio penaeicida et Vibrio nigripulchritudo sont responsables depuis plusieurs années de maladies (syndrome d’été et syndrome d’hiver) affectant de manière récurrente les fermes d’élevage de crevettes Litopenaeus stylirostris en Nouvelle-Calédonie. Alors que la caractérisation des souches bactériennes d’origine environnementale ou échantillonnées lors d’épisodes de mortalité se faisait par détermination phénotypique et/ou par PCR « classique », l’équipe PIE a mis au point une technique de PCR dite « multiplexe » qui permet, en une seule analyse, de déterminer si l’isolat bactérien appartient à l’une ou l’autre de ces espèces-cibles et de préciser son pathotype (ou niveau de virulence). Leurs résultats font l’objet d’une publication parue dans Microbial Ecology en janvier 2012. | Colonies bactériennes de Vibrio nigripulchritudo après croissance sur milieu de culture synthétique. Sur ce milieu, les colonies produisent un pigment brun-noir, à l'origine du nom latin de cette espèce (qui signifie la beauté noire) | |
L’équipe PIE a analysé selon cette nouvelle technique plus d’une centaine de bactéries isolées sur 10 fermes par le Réseau d’Epidémio-vigilence Crevettes (REC) à l’occasion d’épisodes de mortalité déclarés par les éleveurs entre 2007 et 2011. Les données obtenues ont permis de démontrer la spécificité et la sensibilité de ce test comparé aux méthodes biochimiques standards et le gain de temps qu’il représente dans l’analyse des échantillons. Cette PCR multiplexe représente un moyen de diagnostic intéressant pour améliorer les suivis du REC. D’un point de vue recherche, elle pourra contribuer à comprendre la répartition géographique et saisonnière de ces agents pathogènes, et ainsi à mieux identifier les facteurs (environnementaux ou autres) associés à ces maladies qui menacent la pérennité de cette filière aquacole. | PCR : technique permettant d’obtenir rapidement à partir d’un échantillon complexe et peu abondant une quantité importante et exploitable d’un segment précis d’ADN. PCR multiplex : même chose mais permettant cette fois, au cours d’une même réaction, d’amplifier plusieurs segments différents d’ADN |
En savoir plus PCRRepères Syndrome d’été géographiquement localisé à quelques fermes contrairement au syndrome d’hiver qui touche l’ensemble du territoire (voir ici la cartographie). |