Bactéries extrémophiles et applications

Bio-prospection des micro-organismes des milieux atypiques néo-calédoniens.

Historique

En mars 2009, Ifremer de Brest et de Nouvelle Calédonie se sont associé à l’Institut Pasteur de Nouméa pour déposer, un projet visant la bio-prospection des micro-organismes des milieux atypiques néo-calédoniens.
Ce projet a permis la création d’une banque de microorganismes issus de divers écosystèmes néocalédoniens, dite « souchothèque ». Elle a été dupliqué pour des raisons de sécurité (une collection à l’Ifremer et une à l’INPC) et elle constitue une base de travail pour une recherche de pistes de valorisation pour ces microorganismes et métabolites associés.

La première campagne de bioprospection, réalisée dans différents écosystèmes a abouti, en 2010, à une collection de bactéries riche de près de 500 isolats. A l’Ifremer, le criblage de cette collection a permis de déterminer un nombre significatif de souches aptes à produire, en conditions de laboratoire et en adéquation avec des réalités industrielles, des exopolysaccharides (EPS) et des polyesters (ou plastiques) biodégradables. Les premières analyses indiquent des compositions chimiques très intéressantes qui suggèrent des applications pour ces nouveaux biopolymères. De même, à l’IPNC, un pourcentage significatif de souches présente une activité-bactérienne contre une, voire plusieurs souches bactériennes d’intérêt médical (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis); ou environnemental/aquacole (Vibrio paenicida, Vibrio nigripulchritudo).

Les actions

L’enrichissement de cette collection unique calédonienne se poursuit avec deux actions majeures :

• la campagne de bio-prospection Ifremer/IPNC débutée en avril 2011 en Provinces Nord, Sud et en dehors de la Grande Terre (Ile des Pins), investigue d’autres milieux atypiques marins complémentaires de ceux de 2010 ;

• poursuite de la bioprospection (la souchothèque représente désormais plus de 750 isolats).

Les perspectives

• l’isolement et la caractérisation de nouvelles molécules actives, en priorité les exopolysaccharides et polymères biodégradables issus de ressources renouvelables. Les objectifs sont de : mettre à disposition des éléments de la collection aux opérateurs de recherche implantés localement mais aussi à des opérateurs privés, d’accompagner ces opérateurs privés dans une optique de valorisation par transfert de méthodologies et d’outils et identification de nouvelles recherches et enfin former des spécialistes locaux de ces technologies en partenariat avec l’Université de la Nouvelle Calédonie (Laboratoire Insulaire du Vivant et de l’Environnement)

• La poursuite de la caractérisation des propriétés anti-microbiennes : purification et identification des molécules actives, mode d’action, tests de cytotoxicité… Ce travail sera plus particulièrement mené par l’IPNC, en collaboration avec l’Ifremer et l’Institut Pasteur Paris, ainsi que d’autres organismes de recherche et/ou privés implantés si possible localement, avec pour objectif de valoriser les molécules actives.

• L’identification de métabolites secondaires et de molécules bioactives pour des applications principalement dans le domaine de la santé. Cet axe de recherches passera par une étape de fractionnement et la création d’une librairie d’extraits et par une étape de criblage haut débit sur des cibles privilégiées dans le cadre d’accords avec l’industrie pharmaceutique