Soutenance de thèse-Marie COLETTE

Titre

Évaluation de la capacité de bioremédiation des sédiments aquacoles par les espèces halophytes et leur microbiote associé dans les fermes de Nouvelle-Calédonie

Résumé

En Nouvelle-Calédonie, l’élevage de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris se déroule en bassins de grossissement, où cette culture génère une quantité importante de déchets organiques qui finissent piégés dans les sédiments. En excès, l’accumulation de ces déchets organiques peut conduire à une eutrophisation de l’écosystème aquacole et nuire à la santé des crevettes. Une voie prometteuse pour traiter ces accumulations de déchets organiques serait la bioremédiation en utilisant des plantes halophiles et le microbiote associé à leurs rhizosphères. Par une approche intégrée et pluridisciplinaire, ce projet de thèse visait à évaluer si la culture d’halophytes et de son microbiote de la rhizosphère permet d’épurer les sédiments impactés par l’activité aquacole. A travers des expérimentations menées en serre, ce travail a démontré que la culture d’halophytes et de leur microbiote associé, permet de réduire les teneurs en azote, soufre et phosphore du sédiment mais que l’efficacité de la bioremédiation dépend en grande partie des caractéristiques physico-chimiques du sédiment. Par ailleurs, les cortèges microbiens recrutés dans la rhizosphère sont différents entre les espèces halophytes Atriplex jubata, Sarcocornia quinqueflora ou Suaeda australis. Il en résulte que les fonctions et guildes microbiennes liées aux cycles biogéochimiques du sédiment diffèrent également entre les espèces halophytes. Ainsi, l’intégration de la culture d’halophytes aux activités crevetticoles présente un fort potentiel d’application et de valorisation mais des essais sont encore nécessaires avant de pouvoir développer ce système à l’échelle d’un bassin.