Soutenance de thèse - Carolane GIRAUD

Titre

Dynamique des communautés procaryotiques actives dans les élevages larvaires de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris: influence des intrants et identification de biomarqueurs bactériens de la santé des larves

Résumé

En Nouvelle-Calédonie, l’élevage de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris, a été initiée dans les années 1970 et représente, à l’heure actuelle, une activité socio-économique majeure à l’échelle du territoire. Cependant, depuis 2005, des mortalités larvaires massives non expliquées impactent l’ensemble des écloseries de l’île et menacent la pérennité des productions. L’eau de mer lagonaire, utilisée pour les élevages, possède des caractéristiques physico-chimiques et des assemblages microbiens susceptibles de varier en fonction de différents facteurs naturels et / ou anthropiques. Or les paramètres environnementaux de l’eau et les communautés microbiennes associées aux élevages influencent la qualité des larves et donc leur survie. Dans ce contexte, cette thèse a eu pour objectif de déterminer si les variations des communautés procaryotiques actives associées aux élevages pouvaient expliquer les mortalités larvaires observées. Les travaux menés ont d’abord mis en évidence l’implication de transmissions verticales et horizontales au cours de la mise en place du microbiote larvaire de P. stylirostris. Puis, l’identification d’un core microbien (affiliés aux familles bactériennes Rhodobacteraceae, Vibrionaceae, Stappiaceae, Alcanivoraceae, Litoricolaceae, Pseudoalteromonadaceae et Alteromonadaceae), associé à l’ensemble des échantillons d’élevage considérés et initialement présent dans les œufs et les eaux de remplissage des bacs, a suggéré un impact durable de ces transmissions au cours du développement larvaire, et ce indépendamment de l’état de santé des élevages. Une eutrophisation de l’environnement des larves a également été montrée dans tous les élevages soumis ou non à des épisodes de fortes mortalités. Nous avons constaté que cette eutrophisation ainsi que l’ajout d’antibiotique, le développement larvaire et l’état de santé des élevages entraînaient des variations des communautés procaryotiques associées aux élevages larvaires de P. stylirostris. Enfin, des biomarqueurs bactériens de la santé (affiliés aux familles Rhodobacteraceae, Bdellovibrionaceae et Saprospiraceae pour les élevages en bonne santé et aux genres Portibacter, Ponticaulis, Oceanococcus, Turicella, P3OB-42 et Celeribacter pour les élevages en mauvaise santé) des élevages ont été mis en évidence. À court terme, ces biomarqueurs devraient permettre la mise au point d’outils de détection de type PCR ou qPCR. Cette thèse offre également de nouvelles perspectives de travail quant à une meilleure gestion des communautés microbiennes associées aux élevages notamment par le développement de nouvelles souches probiotiques.

 Composition du jury

• Benjamin Misson, maître de conférences HDR, Université de Toulon
• Ludwig Jardillier, professeur, Université Paris-Saclay
• Christine Paillard, directrice de recherche, Université de Bretagne Occidentale, Brest
• Pierre Galland, directeur de recherche, CNRS laboratoire ARAGO
• Yves Letourneur, professeur, UNC ENTROPIE
• Viviane Boulo, cadre de recherche, IFREMER Université de Montpellier
• Nazha Selmaoui Folcher, professeure, UNC ISEA
• Nolwenn Callac, cadre de recherche, IFREMER Nouvelle-Calédonie

Contact: Carolane GIRAUD