Offre de stage Master II - Caractérisation du pan, core et variable microbiome de l’hémolymphe de Litopenaeus stylirostris dans des conditions contrastées d’élevage à l’échelle du Pacifique

 - Projet COMISTYL - 

But

L’objectif de ce stage est de caractériser la structure et la diversité par des approches de métabarcoding ainsi que l’abondance par qPCR des communautés microbiennes actives de l’hémolymphe des géniteurs de Litopenaeus stylirostris élevés dans des conditions contrastées d’élevage : 

  • bassin de terre et
  • en eau claire.
Sujet

Le projet COMISTYL vise à caractériser chez L. stylirostris, l’abondance et la diversité du microbiote (procaryotes et protistes) hébergé dans l’hémolymphe et le milieu d’élevage ainsi que le statut immunitaire de l’hôte. Cette approche intégrée sera mise en œuvre sur des conditions contrastées d’élevage, eutrophes et oligotrophes, en Nouvelle-Calédonie et Polynésie française. Ce projet a pour objectif de comprendre les interactions, microbiote, statut immunitaire et conditions d’élevage, en lien avec les performances d’élevage (survie et croissance).

Ce projet de stage a pour ambition de caractériser pour la première fois chez l’espèce L. stylirostris, de manière concomitante l’abondance et la diversité des communautés microbiennes hébergées dans l’hémolymphe et dans le milieu d’élevage.

Cette caractérisation intégrative se fera dans des milieux contrastés, soumis à des pressions biotiques et abiotiques : eutrophes et oligotrophes, correspondant respectivement à un élevage en bassin de terre (mode de production classiquement utilisé en Nouvelle-Calédonie et Polynésie Française, caractérisé par un renouvellement en eau de 15% / 24 h provenant du lagon et une certaine densité microbienne) versus élevage en eau claire, en bac (renouvellement d’eau de 100% / 24 h et faible densité microbienne).

Deux cycles expérimentations ont été réalisés en Nouvelle-Calédonie et en Polynésie française : une en saison chaude et une en saison fraîche ; un 3éme cycle d’expérimentation aura lieu en saison chaude (Janvier-Février 2020). Pour cela, des géniteurs femelles de crevettes L. stylirostris âgées d’environ 9 mois et produites selon le même protocole d’élevage (ensemencement de bassins de terre avec des post-larves élevées pendant un mois en écloserie/nurserie), sont élevées en bassins de terre ou en bacs d’eau claire sur les deux sites. Les communautés bactériennes totales (« pan-microbiome »), communes (« core-microbiome ») aux types d’élevage et aux deux territoires (Nouvelle-Calédonie et Polynésie Française) ainsi que celles spécifiques (variable-microbiome) des sites de production (Nouvelle-Calédonie versus Polynésie Française), du type d’élevage, ou de la saison d’échantillonnage, seront caractérisées par métabarcoding via le séquençage de l’ADNc du gène codant pour les petites sous unités ribosomales (16S), pour la mise en évidence des procaryotes métaboliquement actifs et de leur quantification par qPCR. L’ensemble des analyses du microbiote sera réalisé par une analyse en individuel afin d’évaluer la variabilité inter individuelle et de gagner en puissance statistique. De plus, un suivi des performances biologiques des animaux (survie et croissance) et des paramètres physico-chimiques et microbiologiques des eaux sera réalisé lors des élevages.

Les objectifs de ce stage sont donc multiples et visent à :

  1. Analyser la diversité et la dynamique des communautés microbiennes actives dans l’hémolymphe de Litopenaeus stylirostris via l’analyse des données issues du séquençage haut débit de la région V4 de l’ADNr 16S après rétro-transcription de l’ARNr 16S
  2. Analyser l’abondance des communautés microbiennes actives totale et spécifique (taxa d’intérêt) dans l’hémolymphe de Litopenaeus stylirostris par qPCR
  3. Mettre en évidence le pan, core et variable microbiome (bio-statistique) de l’hémolymphe de Litopenaeus stylirostris selon le type d’élevage, la saison et le lieu d’élevage (Nouvelle-Calédonie)

A son arrivée, compte tenu du temps nécessaire au séquençage des échantillons (séquençage de la région V4 de l’ADNr 16S), l’étudiant(e) aura à disposition le jeu de données de métabarcoding à traiter issu des expérimentations réalisées en saison chaude et fraîche. L’étudiant(e) sera impliqué(e) dans la 3eme expérimentation qui correspondra à la seconde analyse de la saison chaude

Profil

Le/la candidate devra être en Master 2 recherche en écologie microbienne / microbiologie avec des compétences souhaitées en :

  • bio-informatique,
  • bio-statistique,
  • biologie moléculaire (connaissances approfondies) 
Conditions de stage

Lieu : Ifremer Unité de Recherche LEAD NC, Station aquacole de St Vincent, Commune de Boulouparis - Nouvelle-Calédonie

Encadrement : Nelly Wabete et Nolwenn Callac

Période : Janvier à juillet 2020

Durée : 5 mois

Indemnité : Oui. Billet d'avion à la charge du candidat retenu

Hébergement : Possible (selon disponibilité) sur le site du laboratoire - station aquacole de St Vincent - site relativement isolé (80km au nord de Nouméa).

Contact

Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (Ifremer), Délégation de Nouvelle-Calédonie.

Unité Lagons, Ecosystèmes et Aquaculture Durable en Nouvelle-Calédonie (LEAD NC).

Campus IRD - 101 Promenade Roger Laroque - BP 32078

98 897 Nouméa cedex.

 

Envoyer C.V. et lettre de motivation à :

secretariat-nc@ifremer.fr et / ou nelly.wabete@ifremer.fr et nolwenn.callac@ifremer.fr